北京大学药学院药剂学科始建于二十世纪五十年代。1952年，开设药剂学教学课程，五十年代后期建立了药剂学教研室；1996年，建立了药学系，由原药剂学教研室、物理化学教研室、药物分析教研室组成，魏树礼教授任系主任，王培玉教授担任系党支部书记；1999年，更名为药剂学系，由药学院副院长张强教授兼任系主任，武凤兰教授担任系党支部书记；2003年，系室调整，药剂学系由药剂学和物理化学两个教研室组成，由张强教授、卢炜教授先后担任系主任，吕万良教授、齐宪荣教授先后担任系党支部书记；2016年，由药学院党委副书记吕万良教授代理系主任，齐宪荣教授担任系党支部书记；2018年由药学院副院长汪贻广教授兼任系主任，齐宪荣教授、谢英副教授先后担任系党支部书记。

目前，药剂学系在职教职员工19名，包括张强、吕万良、齐宪荣、张烜、王坚成、周田彦和汪贻广七位教授，王学清、苗蕾、何冰、代文兵、范田园五位研究员，谢英、李馨儒、张华、陈斌龙、闫仪五位副教授及副研究员，王桂玲副主任技师，周艳霞讲师。药剂学系目前在实验室开展研究的硕士生、博士生、博士后有120余人。

药剂系现有中国工程院院士1名，中国医学科学院学术咨询委员会学部委员1名，教育部长江学者1人，国家杰青1人，国家级青年人才4人，各类省部级人才5人。药剂学科的发展目标是跻身于世界一流药剂学科的前列，培养研究型高层次药剂学人才。

药剂学系开设了本科生、硕士和博士研究生理论课程与实验课程近20门次，以药剂学、生物药剂学与药物动力学、物理化学为骨干课程。2005年，药剂学系组织编写了北京大学长学制特色教材《药剂学》、《生物药剂学与药物动力学》和《物理化学》，其中《生物药剂学与药物动力学》教学课程被列为北京大学医学部精品课程。在此基础上，2022年更新编写了北京大学长学制特色教材《现代药剂学》、《先进药剂学》、《生物药剂学与药物动力学》和《实验药剂学》。

药剂学系是我国首批药剂学硕士和博士点招生单位，可招收硕士研究生、博士研究生以及博士后研究人员。药剂学系的研究工作主要集中于两个方面：一方面开展药剂学前沿基础科学研究，主要包括分子药剂学、生物药剂学、群体药物动力学、物理药学等，相关研究成果在国内、外产生了重要影响；另一方面开展先进制剂的研发，在现代制剂、高效递释制剂、基因重组制剂、智能递释制剂、生物大分子递释制剂和缓控释制剂等领域取得了重要进展。

药剂学系先后承担了国家高技术研究发展计划（863计划）、国家重大科学计划（973计划）、国家创新药物专项、国家综合性创新药物大平台（药剂、药代和中试单元平台）建设、科技部重点研发计划、国家自然科学基金重大与重点项目、北京市自然科学基金重点项目、教育部博士点重点项目等国家重要基金累计60余项。作为全国药学一级重点学科的组成部分，药剂学系被列入了北京大学“211工程”、“985工程”、“双一流工程”重点建设单位，药剂学相关研究设备达到了国际先进水平。2011年，药剂学系入选我国药剂学科首个教育部创新团队，并于2015年获得教育部连续滚动支持；2015年，整合北京大学药学院、基础医学院和工学院药剂学科教研人员，建立了“分子药剂学与新释药系统北京市重点实验室”，2025年，重组后建立“先进药物制剂北京市重点实验室”。

近十年来，药剂学系科研人员在包括Nature系列、Science系列、Cell系列期刊以及药剂学科权威期刊上发表学术论文300余篇，获得包括国家科技进步二等奖、教育部自然科学一等奖、中国药学会科技进步奖一等奖、吴阶平-保罗杨森一等奖等在内的科研和教学成果奖20余项，药剂学系部分专家被美国科学指标数据库列入科学家排名前1%、入选Elsevier全球有重要学术影响力的高被引中国学者。

药剂学系与北卡罗莱纳大学（教堂山分校）、多伦多大学、星药科大学、富山大学、新加坡国立大学、南洋理工大学、香港大学、香港中文大学、澳门大学等数十所著名大学相关院系有广泛的学术交流；先后建立的校企联合实验室有北大医学-齐都药业创新制剂联合实验室、北大医学-振东制药先进制剂联合实验室、北大医学-齐鲁药业联合实验室等，面向国家重大需求，开展科技成果转化研究；与大型医药企业诺和诺德等建立了国际科研合作关系；与美国辉瑞公司建立了北京大学/辉瑞公司定量药理学高级人才培训中心。药剂学系是我国药剂学高层次人才的重要培养基地之一。